达伽马俱乐部最初其实是以赛艇运动为主的。19世纪末，赛艇运动在巴西非常盛行。四个不想去其他城市玩赛艇的葡萄牙移民决定在本地成立一家俱乐部。1898年，俱乐部正式成立，鉴于最初俱乐部会员的葡萄牙移民身份以及为了纪念著名航海家达伽马，俱乐部被命名为达伽马。
俱乐部成立初期，巴西国内种族歧视问题严重。由于达伽马球员多由黑人构成，因此遭到了同样来自里约热内卢州的博塔弗戈、弗拉门戈和弗鲁米嫩塞的排挤。一直到50年代种族主义不再猖獗，达伽马才得以和其他三支球队平起平坐。
在击败了帕尔梅拉斯之后，达伽马夺得了1997年的巴西联赛冠军。1998年，在两回合4比1击败了厄瓜多尔的巴塞罗那之后，达伽马夺得了俱乐部历史上第一座也是唯一一座解放者杯。不过可惜的是在随后的丰田杯中，达伽马1比2不敌皇家马德里，劳尔打入制胜一球。
2008赛季结束后，达伽马排名联赛第18，从巴西甲级联赛中降级。不过2009赛季后，达伽马以乙级冠军身份重新回到巴甲联赛中。尽管厮混巴乙一年，但达伽马依然是联赛中不可小觑的一支劲旅。